Nel 1990 il Gruppo Rover intervenne sulla Mini, principalmente per ragioni di sicurezza ed inquinamento. La scocca venne rinforzata, mentre il motore, ora di 1275 cm³, adottò l'alimentazione a iniezione elettronica single point e la marmitta catalitica. La potenza era di 50 CV. L'unica versione disponibile sul mercato italiano era la Mayfair (con carrozzeria chiusa o dotata di tetto apribile in tela Open Classic). La calandra tornò cromata.

Nel 1991 venne reintrodotta la versione Cooper (riconoscibile per il tetto bianco o nero, i cerchi "Minilite" da 12 pollici e le strip adesive sul cofano motore), con motore 1275 cm³ a carburatore (MK5) fino al 1992 e poi a iniezione singlepoint "spi" (MK6) sempre da 63 CV e catalizzate. In questi anni si dà vita ad un acceso campionato mononomarca di velocità su pista riservato alle Cooper. Ci sono competizioni che tuttora, in più parti del mondo, vedono le Mini come protagoniste.
Nel 1993 arrivò anche la Mini Cabriolet, con motore della Cooper, allestimenti arricchiti (la plancia era in legno) e vistose appendici aerodinamiche.

Nel 1996 venne lanciata la Mini Cooper 35, versione speciale per commemorare i 35 anni di produzione della vettura. Prodotta in 200 esemplari, aveva i sedili in pelle verde, il cruscotto in legno di noce, i vetri oscurati e varie decalcomanie che commemoravano l'anniversario. Era equipaggiata con un propulsore 1.275 cc di serie abbinato ad uno scarico sportivo a doppio terminale.
Nel 1997, in seguito all'acquisto del Gruppo Rover da parte della BMW (1994), la gamma venne ulteriormente aggiornata: motore ad iniezione elettronica multipoint, airbag lato guida, barre antintrusione nelle portiere, cinture di sicurezza con pretensionatore, radiatore frontale, nuovi interni. La gamma comprendeva le versioni Classic, Cooper (MK7), Cooper Sport-Pack. Quest'ultima aveva 4 faretti supplementari, cerchi specifici 7x13", carreggiate allargate, codolini maggiorati, interni in pelle con finiture in radica. Non venne riproposta la Cabriolet.

Nel 1999 arrivò la versione speciale 40 LE.
La Mini classica uscì di produzione il 4 ottobre 2000, salutata dall'edizione speciale Final Edition che comprendeva quattro modelli: la Seven, la Cooper, la Cooper Sport e la Knightsbridge